Jenjang pendidikan yang ada di Pondok Modern Nurussalam adalah KMI (Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah) 6 ( enam ) tahun, setingkat dengan SMP dan SMA. KMI ini merupakan inti dari lembaga pendidikan Pondok Pesantren Modern Nurussalam, dan semua siswa KMI pesantren Nurussalam wajib tinggal di dalam asrama, tidak diperkenankan pulang ke rumah masing-masing setiap hari.
Arti dari Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah adalah persemaian guru-guru Islam. Lembaga KMI berusaha untuk mendidik para santri untuk menjadi guru Agama Islam, dengan pembekalan memadai, yang diharapkan mereka setelah lulus dari KMI dapat mengajar anak-anak tingkat SD dan SMP dalam bidang agama.
Dalam rangka memenuhi kebutuhan para santri yang ingin melanjutkan studinya ke jenjang yang lebih tinggi, dan supaya KMI memperoleh pengakuan dari pemerintah secara legal formal, maka di akhir kelas 3 KMI, para santri diikutsertakan dalam Ujian Nasional Berbasis Komputer (UNBK) tingkat SMP, dan di akhir kelas 6 KMI mereka diikutsertakan dalam Ujian Nasional Berbasis Komputer (UNBK) setingkat SMA. Dengan demikian, ketika para santri lulus dari kelas 6 KMI mereka memperoleh tiga ijazah; yaitu ijazah KMI (swasta), ijazah SMP (negeri), dan ijazah SMA (negeri). Oleh karena itu, lulusan KMI Pondok Modern Nurussalam dapat melanjutkan studinya ke berbagai perguruan tinggi negeri dan swasta, baik di dalam maupun di luar negeri.
Kurikulum KMI Pondok Modern Nurussalam merupakan modifikasi dan sintesa dari beberapa kurikulum; yaitu kurikulum Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (Kurikulum 2013), dan kurikulum intern pesantren. Untuk pelajaran umum : seperti matematika, fisika, kimia, biologi, sejarah, ekonomi dan sebagainya menggunakan kurikulum 2013. Untuk pelajaran agama menggunakan kurikulum Pondok Modern Gontor, dan kurikulum pesantren salaf (tradisional) yang memiliki ciri khas dengan pengajian kitab-kitab Islam klasik (kitab kuning).
Para santri selain belajar secara formal di kelas, juga dibekali dengan berbagai keterampilan, dan life skill yang diajarkan secara ekstrakurikuler. Misalnya ketrampilan berorganisasi, IT, kesenian, kemasyarakatan, dan sebagainya. Hal dimaksudkan sebagai bekal para santri setelah menyelesaikan studinya dari pesantren untuk kembali ke masyarakat, sehingga mereka mampu berdikari dan tidak menggantungkan nasibnya kepada orang lain.
